אגודת ידידי המרכז הרפואי בני ציון (ע"ר) נוסדה בשנת 1976 כעמותה רשומה ומוכרת במטרה לסייע למרכז הרפואי בני ציון. האגודה פועלת באמצעות ועד מנהל, המונה כ- 15 אנשי עסקים וחברה, הממלאים את תפקידם בהתנדבות. העמותה פועלת לצד המרכז הרפואי ומסייעת לו בפיתוח תשתיות ובניית מחלקות חדשות, שיפוץ מבנים קיימים, רכישת ציוד ומכשור רפואי מתקדם, עידוד מחקר רפואי ועוד.
אגודת הידידים פועלת להשגת תרומות למימוש צרכי המרכז הרפואי ומקיימת אירועים שונים לטובת מטרה זו, בארץ ובחו"ל.